案例报道丨宏基因组病原微生物检测助力肺部病毒感染的诊疗
导读
肺部感染是发生在终末气道、肺泡以及肺间质的炎症，是由病原微生物、理化因素、免疫损伤、过敏等因素所致。临床上最常见的肺部感染是由于病原体感染所导致的，如细菌感染、真菌感染、病毒感染、不典型病原体感染等等，细菌性肺炎最为多见。
病毒性肺炎是由不同种类的病毒侵犯肺实质而引起的肺部炎症，通常由上呼吸道感染向下蔓延所导致，包括流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、麻疹病毒、水痘带状疱疹病毒、鼻病毒和巨噬细胞病毒等。其临床主要表现为发热、头痛、全身酸痛、干咳及肺浸润等。病毒性肺炎的发生与病毒的毒力、感染途径以及宿主的年龄、免疫功能状态等有关。一般小儿发病率高于成人。
《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》中推荐意见10：对于高度怀疑病毒性肺炎且病情持续进展的患者，可先完善呼吸道病毒多重PCR检测，若为阴性，再行二代测序检测，并应同时进行核酸RNA反转录。
案例报道
01病史简介
男性患儿，三岁，2020-12-22入住南方医科大学南方医院小儿科
病史陈述：患儿家属
主诉：反复咳嗽咳痰2月余，加重伴发热1天
现病史：
2020-10 (两月余前)无明显诱因出现咳嗽，呈阵发性，晨起明显，伴唤黄痰，量多，稍流黄涕、鼻塞，夜间鼾音明显，伴发热1次，体温不超过38.5C, 无头晕、头痛。无喷嚏、喘息、发绀，无恶心、呕吐，无腹痛、腹泻，无皮疹、关节肿痛等症状，多次就诊当地社区医院。
2020-10-14血常规：白细胞计数12.96×109/L，中性粒细胞总数10.72×109/L，血红蛋白测定105g/L，血小板计数157×109/L；CRP28.9mg/l；超敏CRP>5mg/l；胸片：考虑支气管炎。先后予头型曲松、头孢泊肟酯颗粒，雾化化痰、抗过敏等对症支持处理，经治疗后，患儿咳嗽咳痰好转，但易反复。
2020-12-22下午患儿出现发热，热峰39.7C，拟“支气管肺炎”收入小儿科。患儿自起病以来，一般情况好，大小便正常，体重无明显增减。
既往史：
平素身体健康，否认疾病及外伤史，无痢疾、疟疾，病毒性肝炎及结核等传染病史。按计划预防接种。无手术史、无输血史、无药物过敏史，近期有手足口病史。
02入院检查
体格检查：
T 38.2℃ P 105次/分 R 25次/分 Bp 110/61mHg
健康状况一般，精神状态良好，心率律齐，各瓣膜听诊区未闻及病理性杂音，无心包摩擦音，四肢关节未见异常。咽明显充血，扁桃体Ⅱ度肿大，可见黄白色分泌物散在附着，触痛明显。甲状腺、胸部胸廓未见异常，叩诊清音，呼吸规整，双肺呼吸音粗，双侧肺可闻及明显痰鸣音，无胸膜摩擦音。
实验室检查：
胸片：两肺纹理增粗、增多，模糊，左下肺野见沿肺纹理分布斑点状密度增高影，边缘较淡且模糊不清，病灶以两下肺明显；
两肺肺门未见增大、增浓；双膈面光整，肋膈角清晰锐利；心影大小、形态正常；纵隔居中、无增大；两侧胸廓对称，无畸形。
分辨镜检：阴性。
咽拭子检查：肠道病毒通用型（EV-RNA）阳性。
分泌物检查：EB病毒阳性。
辅助检查：
血常规：白细胞计数 WBC 23.55×109/L，淋巴细胞总数LYN 4.25×109/L，中性粒细胞总数NEU 15. 87×109/L ，血红蛋白测定HGB 115g/L，平均红细胞体积MCV 80. 5fL；
感染指标：淀粉祥蛋白A SAA 544. 5mg/L， C反应蛋白CRP 40. 36mg/L，降钙素原ProCT 0. 444ng/m1；
心肌酶谱：心型肌酸激酶CK_ MB 30U/L，α-羟丁酸脱氢酶 HBDH 256U/L，乳酸脱氢酶LDH 311U/L；
其他：肝功、肾功能、 电解质、术前四项、CK-MB定量、肌红蛋白定量、 高敏机钙蛋白T 、凝血功能、体液免疫、 粪常规等未见明显异常。
过敏原： 特殊变应原:肉类(猪肉/牛肉/羊肉)弱阳性(+)， 羽毛(鸡毛/鸭毛) 弱阳性(土) ；
03 mNGS检测结果
实验室收样时间：2020-12-25
报告出具时间：2020-12-26
外周血DNA检测检出EB病毒
痰液DNA检测检出：肺炎链球菌、假肺炎链球菌、副流感嗜血杆菌、无乳链球菌、副溶血嗜血杆菌、沙眼衣原体等。DNA病毒病原检出EB病毒。
痰液RNA检测检出：炎链球菌、假肺炎链球菌、副流感嗜血杆菌、无乳链球菌、副溶血嗜血杆菌。DNA病毒检出：EB病毒。RNA病毒除检出人肠病毒属A外，还额外检出了实验室没有检出的能引起儿童急性呼吸道感染的人偏肺病毒。
04临床诊断
实验室检查出EB病毒以及肠道病毒，而且患儿有手足口病，手足口病是由肠道病毒引起的儿童常见传染病。根据胸片以及炎症等检验科检查结果临床上初步诊断为肺炎以及急性扇桃体炎。取痰液送检mNGS，进一步验证EB病毒、人肠病毒A病原感染，同时还检出了肺炎链球菌、嗜血杆菌等病原，根据报告结果辅助临床精准诊断与用药。
05治疗
入院后先后予头孢毗肟、拉氧头孢抗感染；阿昔洛韦抗病毒，人免疫球蛋白(1g/kg)抗病毒、干扰素雾化；辅以化痰雾化、机械排痰、鼻腔冲洗等对症支持治疗后病情稍好转。
06出院
出院诊断: 1.肺炎；2. 手足口病；3. EB病毒感染；4.肠病毒感染。
出院情况：患儿现咳嗽、咳痰较前稍好转，无发热，无喘息，无呕吐、腹泻等不适。
特殊病毒解析
人类偏肺病毒（HMPV）是2001年荷兰学者首先分离发现的一种呼吸道病原体。HMPV属于副黏液病毒科肺病毒亚科，是偏肺病毒属的新成员。它是偏肺病毒属里的第一个被确定能够引起人类致病的病原体，属于单股负链RNA病毒。当临床上发现患者出现类似合胞病毒感染样咳嗽，呼吸困难，持续发热，被怀疑为肺炎但X-Ray检查提示无异常，肺炎支原体检查阴性时就需要考虑该病毒感染的可能性。该病毒的特点是1-3岁的幼儿为易感人群，出生6个月后，从母体获得的抗体逐渐消失后就有可能被感染。
专家点评
1.相比传统检测方法，mNGS具有全面、灵敏、快速等优点，对于肺部感染的早期精准诊断和指导下一步治疗意义重大，建议及早送检mNGS。
2.如怀疑RNA病毒感染，建议同时送检DNA和RNA。
3.气候多变的冬季是儿童呼吸道感染多发季节，请各位家长注意孩子的健康。
*本案例中使用了迪飞医学mNGS检测产品
